Skovgaard Museet er en selvejende institution med en selvstændig bestyrelse.
Museets hovedtilskudsgiver er Viborg Kommune.
Derudover får museet statsstøtte som et statsanerkendt kunstmuseum.
Museets Bestyrelse
Gregers Johansen, formand
Lene Klemensen Gade
Pia Viller Arendt
Lars Munkøe
Christian Lützen